Romskipet Covenant er lasta med 2000 kryo-sovande menneske på veg til planeten Origae-6. Mannskapet søv også, heilt til tekniske feil gjer at det bryt ut brann, og den androide vaktmeisteren Walter (Fassbender) lyt vekka dei. Kapteinen, som er ektemannen til Daniels, (Waterston) døyr i brannen, og den usikre Oram (Crudup) tek over leiinga. Når det kjem inn signal om liv på ein planet undervegs, dristar den nye kapteinen seg til å utforska denne, trass i protestar frå Daniels. Uflaks at dette tilfeldigvis er planeten folka på romskipet Promotheus gjekk under på tolv år tidlegare, og at alt framleis ikkje er som det skal vera her.